村上水軍が海賊→水軍→海賊になった経緯についてはここが詳しい
http://0845.boo.jp/shimanami/archives/88
「権力の制定した法律に従わない海上での盗賊を海賊」
「権力の下で海の軍事力として使われるようになれば水軍」
だそうです