この説明がわかりやすかった

刑法155条 公文書偽造
1項）公務員の作成すべき文書を偽造した者は懲役
2項）変造した者も前項と同様←つまり公務員の作成すべき文書という意味
3項）公務員の作成すべき押印の無い文書を偽造または変造した者は懲役
ここで言う「公務員の作成すべき」とは作成権限者という意味であって
例えば農水省の役人が勝手に書き換えたのであればアウトだが
今回のケースは作成権限者の理財局、近財の役人が書き換えたのだから
仮に何度書き換えても刑法上の罪とする余地は無い