「丸は、城という意味である。日本の城の区画は本丸、二の丸、三の丸などと呼ばれた。
豊臣秀吉は、朝鮮出兵のときにつくらせた軍船の出来栄えをみて「日本の出城・日本丸」と命名したといわれる。
つまり船は海に浮かぶ城（出城）であるから「○○丸」と呼ぶ。」


この説が一番腑に落ちる