OK。サイトウォッチャーの俺が解説してみよう。
まず、１期の時はバックナンバーのページ自体がなかった。

２期になって「前回の物語」ページが新設され、
放送終了後に放送された曲とモンストロ名が紹介されるようになった。
新しい放送は上位に→下に行くほど古い放送という構成（３期や今と同じな）。
で、２期の本放送が終わった時に「バックナンバー」という名に変わり、
２期の全放送が上から順に読めるよう並び替えがされた。

３期になると、２期とは別に「2015年度のバックナンバー」という名で
３期専用のバックナンバーページが出来た。
これも新しい放送が上に追加されていく形だったが、３期終了後に
放送順にソートされることはなかった。

そして１期再々放送中の現在。
２・３期は上記のページがそのまま流用された上で
「バックナンバー」単一ページに統合され、
かつ１期の分が放送順に上位に追加されていってる状態。

長くて分かりにくくてスマンが２期だけ逆並びなのはこんな感じの理由。
２期は放送予定の紹介文も細かくマメに書いてたし、
３期以降と違って本当に仕事してたな〜と思ってる。