1968年 - 7月、反帝全学連（ブント社学同、解放派、第四インター）の委員長に就任。藤本はブント系の社学同所属だった。
10月21日 - 国際反戦デー防衛庁抗議行動に参加。
11月7日 - 上記参加を理由に逮捕。1969年6月まで勾留。
1969年 - 内ゲバ激化に反論、学生運動から離脱。
この間、長崎県平戸に滞在し、地球と人間の問題を考察する。
1970年 - 日本キューバ文化交流研究所事務局長に就任。
1972年 - 4月21日、学生運動関連（公務執行妨害・凶器準備集合など）で実刑判決を受け、中野刑務所に収監。
5月6日 - 歌手・加藤登紀子と獄中結婚。