>＞台本通りとか段取り過ぎるという話は定期的に出てくる

これ程度の問題であるので、「過ぎる」という話は常に出て来るし
これからも出てくる
排除しようとするのは無理

>スタッフが色々な媒体で何度も重ねて否定しているのに

これはタモリは台本見てないというだけの話であって
番組自体は台本通りではないという話ではない（むしろ逆に積極的に肯定ともいえる）
「スタッフが色々な媒体で何度も重ねて否定しているのに 」というのは
わざとであればすり替えてるか、そうでないなら単に頭のわるい理屈