江戸時代初期は、有力な大名を恐れてのお家お取りつぶしが多かった。
ところが、牢人が大量に発生し、不平不満の輩が反乱を起こしたんだよ。
そこで幕府の方針転換で、お取りつぶしをあまりやらなくなった。
この過程で、秘密の情報収集をさせていた忍者の仕事がなくなったんじゃないかな。

説明になってないかな。