薩摩藩邸が焼き討ちされる様な事態を招いた時点で
西郷が指示したか否か以前の問題だろ
付け加えると、既に関東各地でも騒乱が勃発してて、
関八州取締出役の指揮で農兵隊が鎮圧する事態が発生してる

幕府側でも早くは江川太郎左衛門等が農兵隊の構想を示していて
近藤や土方が鳥羽伏見、甲州で敗戦後に
一時期北関東で再起を図ったのもそうした素地があったから