大久保がどう考えていたか?
これはもうよくわかない
西郷がどう考えてたのかよくわからないように

個人的には大久保は私学校の決起は致し方ない、戦争を受け入れる決心をしたと思う

・政府は赤龍丸を派遣して鹿児島県との取り決めを無視して武器弾薬を夜間にこっそり搬出させた

これをすれば西郷士族が激怒することはわかりきってる
それでもやったのは戦争やむなしという決心の現れだと思う
わざと煽ったとまでいえるかどうか

但し、そこに西郷が参加してほしくない、西郷自身は立たないはずという願いみたいなものがあったのではないか?

西南戦争の勃発後に大久保が鹿児島県庁に送った書簡にこうある
大久保「西郷は過激な生徒たちに暴発をしないように説得し続けていた」

国士舘大学 勝田教授によると西郷の下野あとも大久保は西郷を信頼していたという

各地で反乱が起きて鹿児島も心配されている中、明治9年に大久保が大山巌に送った書簡に「西郷がいるかぎり 鹿児島では不穏な動きは起きない」と断言し「新しい強い国づくりを妨害する動きに西郷は関わらない 寧ろそれを抑えてくれるだろう」とある

これは実在する書簡であり、少なくとも大久保が暗殺を指示したことはないであろう