明智十兵衛は山崎の戦いに敗れ近江の坂本城ではなく故郷の美濃へ帰ろうとするが、落ち武者狩りにあって撃退するが手負いとなり、菊丸の見ている前で切腹し生涯を終えると予想。
十兵衛の首は菊丸がこっそりと美濃へ持ち帰り、明智荘のどこかにこっそりと埋める。
菊丸は三河へ戻り、麒麟になってくださいという十兵衛への遺言を家康に伝え、帰蝶や駒、東庵などが麒麟の形をした雲が出た空を見上げ本編は「完」。
そのあと数年の時が過ぎ、豊臣秀吉とともに京都に戻った足利義昭が征夷大将軍の地位を帝に返上し、「真の室町時代の終わり」として『麒麟がくる』自体がおしまい。